Carlos Miguel Prieto nació en el seno de una familia de músicos en Ciudad de México. Desde el año 2007 está al frente de la Orquesta Sinfónica Nacional de México. Asimismo, Prieto dirige la Orquesta Filarmónica de Luisiana desde 2006.
Ha actuado con la Orquesta Filarmónica de Londres, la Orquesta de Minnesota, la Orquesta Sinfónica de Castilla y León y la Orquesta Nacional de la BBC de Gales, y ha regresado a la NDR Elbphilharmonie, la Orquesta Sinfónica de la Radio de Fráncfort, la Hallé y la Real Orquesta Filarmónica de Liverpool.
Prieto es uno de los grandes directores de la actualidad, como demuestra su gran demanda por parte de muchas de las principales orquestas norteamericanas, como las Sinfónicas de Cleveland, Dallas, Toronto y Houston, o la Sinfónica de Chicago, con la que ha mantenido una relación especialmente estrecha y exitosa.
Ha dirigido más de cien estrenos mundiales de obras de compositores americanos. Prieto cuenta con una extensa discografía con sellos como Naxos y Sony, entre otros. A este respecto, pueden mencionarse el Concierto para piano n.º 2 de Rajmáninov o el Concierto para violín de Korngold, nominado a los Grammy. En noviembre de 2018 se publicó su grabación de los conciertos para violín de Elgar y Finzi con Ning Feng.
Graduado por las Universidades de Princeton y Harvard, Carlos Miguel Prieto estudió dirección con Jorge Mester, Enrique Diemecke, Charles Bruck y Michael Jinbo.