Con una extensa carrera internacional como solista y músico de cámara, Emmanuel Pahud ocupó su plaza de flauta principal de la Orquesta Filarmónica de Berlín a los 22 años y aún sigue ocupándolo hoy en día.
Es invitado regularmente a las principales temporadas de conciertos, festivales y orquestas de todo el mundo, colaborando con directores como Giovanni Antonini, Daniel Barenboim, Pierre Boulez, Thierry Fischer, John Eliot Gardiner, Paavo Järvi, Yannick Nézét-Séguin, Trevor Pinnock y Simon Rattle. Ofrece recitales junto con los pianistas Eric Le Sage, Alessio Bax y Yefim Bronfman. En 1993 fundó el Festival de Música de Cámara Salón-de-Provence junto a Eric Le Sage y Paul Meyer y realiza grabaciones de música de cámara con ellos y como parte de Les Vents Français.
Comprometido con la expansión del repertorio para su instrumento, ha encargado y estrenado obras de Elliott Carter, Marc-André Dalbavie, Toshio Hosokawa, Michaël Jarrell, Philippe Manoury, Matthias Pintscher, Christian Rivet, Luca Francesconi y Erkki-Sven Tüür. Pahud graba de manera exclusiva para Warner Classics y ha recibido la distinción de Caballero de la Orden de las Artes y las Letras francesa por su contribución a la música, es miembro honorario de la Royal Academy of Music de Londres, Embajador de Unicef y ganador del Premio de Música Léonie Sonning en 2024.