Stefan Schilli estudió en las Escuelas Superiores de Música de Trossingen y Karlsruhe antes de ser nombrado oboísta solista de la Orquesta Sinfónica de la Radio Bávara en 1991 con tan solo veinte años. En 1996 ganó el Concurso Internacional de la Primavera de Praga y el Concurso de Música ARD, después de haber obtenido el Premio Nacional de Música de Alemania en 1993.

Asimismo, consiguió el Premio Hermanos Busch en 1996 que se otorga a músicos de destacado talento desde 1970. Schilli debutó en la Philharmonie de Berlín con el Concierto para oboe de Richard Strauss, acompañado por la Orquesta Sinfónica Alemana de Berlín. Como solista ha tocado con reconocidos directores como Lorin Maazel, Mariss Jansons, Sir Colin Davis, Reinhard Goebel, Franz Welser-Möst, Christopher Hogwood y Dennis Russell-Davies, entre otros.

Ha realizado frecuentes giras por el Sureste asiático, los Estados Unidos, Rusia y toda Europa. Además, Stefan Schilli ha sido profesor en la Universidad Mozarteum de Salzburgo desde 2004. Numerosos CD y grabaciones para la televisión dan prueba del amplio espectro de sus actividades, como los Conciertos para oboe de Strauss, Martinu y B. A. Zimmermann con la Orquesta Sinfónica de la Radio Bávara dirigida por Mariss Jansons, publicado por Oehms Classics.

Durante muchos años Stefan Schilli se ha dedicado también a actuar con oboes históricos y es miembro fundador del conjunto barroco L’Accademia Giocosa, que fue premiado con el Diapason d’Or por su grabación de obras instrumentales desconocidas de G. P. Telemann, publicada por Oehms Classics.