Nacido en Burgos, estudió en el Real Conservatorio de Música de Madrid y en la Hochschule für Musik de Múnich. Ha colaborado habitualmente con el Teatro Real de Madrid, el Gran Teatro del Liceo de Barcelona o el Festival Mozart de la Coruña.
Víctor Pablo Pérez ha dirigido diferentes formaciones internacionales, como la Orquesta Sinfónica HR de Fráncfort, Sinfónica de Berlín, Sinfónica de Múnich y Sinfónica de Dresde; Real Filarmónica y Philharmonia de Londres; Mayo Musical Florentino, Academia Nacional de Santa Cecilia de Roma; Orquesta Nacional de Lyon y Orquesta Nacional del Capitolio de Toulouse.
Del mismo modo colabora habitualmente con grandes solistas como C. Zimerman, G. Sokolov, A. Volodos, F. P. Zimermann, J. Rachlin, L. Kavakos, A. S. Mutter, Gil Shaham, G. Kremer, M. Vengerov, R. Fleming, N. Dessay, N. Stuzmann, P. Domingo y A. Murray, por solo citar algunos.
Ha recibido numerosos galardones por su dilatada carrera profesional, como el Premio Nacional de Música en 1995. Desde la temporada 2013 / 14 ha sido designado director artístico y titular de la Orquesta y Coro de la Comunidad de Madrid [ORCAM].